امام باقرعليه السلام در زندان
وجود مقدس امام باقرعليه السلام و روش و حركات او در مدينه، گرچه مبارزهى رو در رو و علنى با دستگاه طاغوتى هشام نبود، ولى همهى آن برنامه ها نشانهى يكنوع مخالفت با آن دستگاه بود، سرانجام هشام تصميم گرفت تا آن حضرت را از مدينه به شام تبعيد كند. مامورين، آن حضرت را با پسرش امام صادق عليه السلام از مدينه به شام آوردند و براى اهانت به مقام آن حضرت سه روز به او اجازهى ورود به نزد هشام ندادند، و حتى آنها را در اردوگاه غلامان جاى دادند هشام بن عبدالملك به درباريان خود گفت: وقتى كه محمد بن على عليه السلام )امام باقر( وارد مجلس شد، نخست من او را سرزنش مى كنم، وقتى كه سكوت كردم شما به اتفاق او را سرزنش كنيد. بعد از آن اتفاق هشام دستور داد آن حضرت را به زندان افكندند. ولى طولى نكشيد كه روش آن حضرت در زندان، همهى زندانيان را به سوى او جلب كرد، جريان را به هشام گزارش دادند، سرانجام هشام دستور داد آن حضرت را تحت نظر به سوى مدينه باز گرداندند.
ستمهاى هشام به امام باقرعليه السلام
بيشتر دوران امامت امام باقرعليه السلام مصادف با حكومت طاغوتى هشام بن عبدالملك بود. در اين دوران، امام باقرعليه السلام و يارانش شديداً تحت نظر و سانسور بودند، صفوان بن يحيى از جدش محمد نقل مى كند: به در خانه ى امام باقرعليه السلام رفتم و اجازهى ورود خواستم، به من اجازه ندادند ولى به ديگرى اجازه دادند به منزل بازگشتم در حالى كه بسيار ناراحت بودم، بر روى تختى كه در حياط بود دراز كشيدم و غرق در فكر بودم كه چرا امام به من بى اعتنايى كرد، و با خود مىگفتم فرقه هاى مانند زيديّه و حروريّه و قدريّه و.... به حضور امام مى روند و تا ساعتها نزد امام مى مانند، ولى من كه شيعه هستم اين طور؟! در اين فكرها غوطه ور بودم، ناگهان صداى در را شنيدم، رفتم در را باز كردم ديدم فرستادهى امام باقرعليه السلام است و مى گويد: همين اكنون با حضور امام بيا، لباسم را پوشيدم و به حضور امام رفتم، به من فرمود، »اى محمد! حساب قدريه و حروريه و رنديه و..... نبود، بلكه ما از تو كناره گرفتيم به خاطر اين و آن.« )يعنى جاسوسان حكومت دوستان ما را نشناسند كه باعث آزار آنها گردند( من اين گفتار امام باقرعليه السلام را پذيرفتم و خيالم راحت شد.
مسموم شدن امام باقرعليه السلام و شهادت ايشان
آنچه مسلم است اين است كه امام باقرعليه السلام با طرح مرموز و مخفيانه ى هشام بن عبدالملك، مسموم شده و به شهادت رسيد، ولى عامل و چگونگى آن به روشنى مشخص نيست. بعضى مىنويسند: ابراهيم بن وليد بن يزيد بن عبدالملك )پسر برادر زادهى هشام( آن حضرت را مسموم نمود. و بعضى مىنويسند: زيد بن حسن به دستور هشام، زهر را به زين اسب ماليد و اسب را به حضور امام باقر آورد، و اصرار كرد كه آن حضرت بر آن سوار گردد، آن حضرت ناگزير بر آن سوار شد و سرانجام به شهادت رسيد. آن حضرت ساعات آخر عمر، كفنهاى خود را كه پارچه سفيدى كه با آن احرام به جا آورده بود مشخص نمود.
از كف برنت صبر و نماندش دگر قرار
دين شد تهى ز مخزن اسرار كردگار
از ضعف بر حبين منيرش عرق نشست
اركان پنجمين امامت ز هم شكست
گاهى زبان به ذكر حق و گه شدى به هوش
از دل كشيده آه شرربار و شد خموش